A BEMER-terápia során használt elektromágneses mezők nem képesek zavarni a pacemakereket vagy defibrillátorokat, ha ezek az eszközök megfelelnek az európai szabványoknak, és a vonatkozó működési feltételeiknek megfelelően használják őket.
Az aktív orvosi implantátumok, amelyek stimulációt okoznak (pl. pacemakerek, defibrillátorok, agyi stimulátorok, izomstimulátorok) relatív ellenjavallatnak minősülnek. A BEMER terápia kiegészítő alkalmazását meg kell beszélni a kezelőorvossal.