Upoštevati je treba naslednje absolutne kontraindikacije:
- Imunosupresivno zdravljenje po presaditvi
- Imunosupresivno zdravljenje po alogenični presaditvi matičnih celic, presaditvi kostnega mozga ali matičnih celic. Pri drugih boleznih, ki pogosto zahtevajo imunosupresijo, kot so avtoimunske bolezni ali dermatološka stanja, ni kontraindikacij za Terapija BEMER.
- Aktivni medicinski vsadki, ki povzročajo stimulacijo (npr. srčni spodbujevalnik, defibrilator, možganski stimulator, mišični stimulator), so relativna kontraindikacija. O adjuvantni uporabi terapije BEMER se je treba pogovoriti z lečečim zdravnikom.
Pri oceni tveganja mora zdravnik na podlagi individualno določenih mejnih vrednosti vsadka in ob upoštevanju razdalje med tuljavo aplikatorja in elektrodami vsadka oceniti, ali bi lahko terapija BEMER z največjo gostoto toka 150 µT (povprečna gostota toka za zdravljenje celotnega telesa je 21 µT) povzročila motnje. Če po zdravnikovi oceni motenj ni mogoče izključiti in ni mogoče v celoti zagotoviti varnosti, se uporaba terapevtskega sistema BEMER ne sme nadaljevati.
- Vsi aktivni medicinski vsadki, namenjeni dajanju zdravil (črpalke za zdravila), so absolutna kontraindikacija in izključujejo uporabo terapije BEMER.